Dekretem Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Antoniego Ponikowskiego, 1 września 1918 roku utworzono w Warszawie nową szkołę: Królewsko – Polskie Gimnazjum Męskie im. Króla Stefana Batorego.

Już w pierwszych latach działania „Batory” (przyjęło się, by szkołę nazywać nazwiskiem jej patrona) borykał się z wieloma problemami. W budynku brakowało specjalistycznych pracowni a uczniowie nie mieli gdzie rozwijać swoich zainteresowań. Dlatego w latach 1922-24 zbudowano i oddano do użytku gmach przy ul. Myśliwieckiej 6, w którym szkoła mieści się do dziś.

Budynek według projektu prof. Tadeusza Tołwińskiego (architekta m.in. budynku Muzeum Narodowego w Warszawie) posiadał wszystko to, czego wymagała nowoczesna i rozwijająca się szkoła – pracownie przedmiotowe i laboratoria, boiska i korty tenisowe a także basen i własny ogród botaniczny. Również sam styl budynku nawiązuje do najlepszych wzorców polskiej architektury – kształt gmachu z wysunięty oficynami, sklepienia kolebkowe korytarzy, dziedziniec wewnętrzny na którym w 1933 roku premier RP Janusz Jędrzejewicz dokonał odsłonięcia popiersia patrona Szkoły – króla Stefana Batorego. Wtedy też w kadrze szkoły znajdowały się takie znakomitości jak prof. Gustaw Wuttke – nauczyciel geografii, Stanisław Młodożeniec – uczący j. polskiego czy Stanisław Arnold – historyk.

W trakcie II wojny szkoła nie zaprzestała swojej działalności, organizując tajne komplety. Podczas Powstania Warszawskiego budynek szkoły został poważnie uszkodzony – pierwsze piętro praktycznie nie istniało, w żadnym z okien nie ostała się szyba, wszędzie widać było osmalone resztki ścian.

Po wojnie, ówczesne władze zmieniły szkole nazwę na Państwowe Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego, nadały numer drugi i status szkoły koedukacyjnej. Zajęcia odbywały się w przedwojennym budynku szkoły, pomimo zniszczenia jego frontowej części. Wspólnym wysiłkiem uczniów, absolwentów i nauczycieli szkołę udało się odbudować i odremontować do stanu zbliżonego do dzisiejszego.

W 1999 roku wraz ze zmianą ustroju szkolnego przy Liceum im. Stefana Batorego utworzono gimnazjum (Gimnazjum Nr 33 im. Stefana Batorego). Obie szkoły nazwano wtedy Zespół Szkół Nr 6 Gminy Centrum m.st. Warszawy. W 2004 miasto zmieniło nazwę zespołu na Zespół Szkół Nr 66 m.st. Warszawy.

Dziś Batory to szkoła zajmująca w corocznych rankingach miejsca w pierwszej dziesiątce, sukcesywnie przygotowująca uczniów do egzaminów maturalnych i studiowania na najlepszych uczelniach. Do gimnazjum i liceum uczęszcza łącznie około 800 uczniów, w kadrze znajduje się ponad 80 nauczycieli. Do tego grona należą przedstawiciele kreatywnej, utalentowanej młodzieży, dzięki której staraniom powstaje wiele wydarzeń kulturalnych i społecznych inicjatyw.

Wśród absolwentów Gimnazjum i Liceum Stefana Batorego jest wiele osób zasłużonych dla kraju, rozpoznawani artyści i doceniani naukowcy. Z tej długiej listy warto wymienić między innymi: kompozytora Witolda Lutosławskiego, historyka Stanisława Herbsta, poetę Krzysztofa Kamila Baczyńskiego, filozofa Klemensa Szaniawskiego, rektora Uniwersytetu Warszawskiego i senatora prof. Grzegorza Białkowskiego, aktora Daniela Olbrychskiego, kompozytora Wojciecha Trzcińskiego, reżyserkę filmową Agnieszkę Holland, ministra Adama Glapińskiego, publicystkę prof. Magdalenę Środę, piosenkarkę jazzową Ewę Bem, dziennikarki Dorotę Wellman, Justynę Pochanke i Hannę Lis, prezenterkę TV Grażynę Torbicką, posłankę Katarzynę Piekarską, rektora Politechniki Warszawskiej prof. Marka Dietricha oraz reżysera teatralnego Jana Klatę.

Program Matury Międzynarodowej w Batorym realizowany jest od 2005 roku, na początku pod kierunkiem Ewy Dąbrowskiej, a następnie Joanny Szcześniak. W 2011 roku koordynatorem ds. IB został Michał Lis.